税金・社会保険

特定口座で確定申告すると
国民健康保険料が上がる?
知らないと損する制度をFPが解説

2026年7月読了約12分Life Asset FP編集部
「特定口座(源泉徴収あり)を使っているから、投資のことは何もしなくていい」——そう思っている人は多いはずです。

ところが、株の損失を翌年以降に繰り越す「繰越控除」や、他の利益と相殺する「損益通算」のために確定申告をすると、その所得が国民健康保険料の計算に反映され、保険料が上がることがあります。

しかも2024年度分の住民税から、所得税と住民税で異なる課税方式を選べなくなるという制度変更があり、この問題はより身近になりました。この記事では、誰が影響を受けるのか、なぜそうなるのか、確定申告すべきかどうかの考え方まで、FPが公的情報源をもとに整理して解説します。

特定口座(源泉徴収あり)の基本

証券口座を開くとき、多くの人が選ぶのが「特定口座(源泉徴収あり)」です。この口座では、株式や投資信託を売却して利益が出たり配当を受け取ったりするたびに、証券会社が自動的に税金(所得税・住民税あわせて20.315%)を源泉徴収してくれます。

そのため、確定申告をしなくても納税が完結するのが最大のメリットです。会社員はもちろん、年金受給者や主婦(主夫)でも、原則としてこの口座だけで投資に関する税金の手続きは終わります。

ポイントは、「確定申告をしなければ、投資の利益は他の所得や社会保険料の計算に一切影響しない」という点です。ここまでは多くの人が知っている話です。

なぜ確定申告すると保険料が変わるのか

問題が起きるのは、次のようなケースであえて確定申告をするときです。

これらはいずれも「確定申告をすることで税金が有利になる」制度です。しかし確定申告をすると、その所得は住民税の「合計所得金額」に算入され、国民健康保険料などの算定基礎に使われてしまいます。

さらに2024年度分の住民税から、所得税と住民税で異なる課税方式を選ぶことができなくなりました。以前は「所得税だけ申告して住民税は申告不要にする」といった対策が可能でしたが、今はその選択肢がありません。

つまり、確定申告をした時点で、その所得は住民税・国民健康保険料の両方に反映されるというのが、今の制度です。

影響を受けるのは誰か

ここが最も誤解されやすいポイントです。すべての人に影響があるわけではありません。

加入している保険投資所得の影響対象になりやすい人
国民健康保険(国保)影響あり自営業者・フリーランス・退職後の年金受給者など
後期高齢者医療制度影響あり75歳以上の人
健康保険(協会けんぽ・組合健保)影響なし会社員・公務員

会社員・公務員が加入する健康保険は、給与の「標準報酬月額」を基準に保険料が決まるため、投資による確定申告の有無は保険料に影響しません。この記事の内容は、主に国民健康保険・後期高齢者医療制度に加入している人に関わる話です。

ケースで見る「還付額 vs 保険料増加額」

実際にどれくらいの影響が出るのか、具体例で確認してみましょう。

たとえば

国民健康保険に加入している人が、特定口座で配当所得50万円を受け取っていたとします。源泉徴収されている税額は20.315%=101,575円(所得税分76,575円・住民税分25,000円)です。

配当控除を使って確定申告すると、条件次第で所得税の還付額は最大で76,575円程度になり得ます。一方、この50万円が国保の所得割の計算対象に加わることで、保険料率の目安(自治体により異なり、おおむね8〜12%程度のレンジ)で計算すると、保険料の増加額は4万円〜6万円程度になる可能性があります。

このケースでは、還付額と保険料増加額が近い水準になり、「申告した方が得か損か」は条件次第であることがわかります。所得水準・お住まいの自治体の保険料率・扶養控除への影響なども絡むため、一概にどちらが得とは言えません。

特に、国民健康保険料には「賦課限度額(上限)」があるため、すでに上限に近い保険料を払っている世帯では、投資所得を申告しても保険料が変わらない、または影響が小さいケースもあります。逆に、上限に余裕がある世帯ほど、増加額が大きくなりやすい点には注意が必要です。

申告前にチェックすべきこと

損益通算や繰越控除は正しく使えば有効な節税策ですが、国保加入者・後期高齢者医療制度加入者は、申告前に次の点を確認しておくことをおすすめします。

将来の話:金融所得と医療保険の関係

今回取り上げたのは「確定申告をした場合」の話ですが、もう少し先を見ると、配当・利子・譲渡益といった金融所得全般を医療保険の算定に反映させる方向の議論も進んでいます。

ただし、この制度変更を実施するには国と自治体の間での情報連携の仕組みづくりが必要とされており、実現するとしても早くて2029〜2030年ごろと見込まれています。2026年時点で、確定申告をしていない特定口座の所得が急に保険料へ反映されるようになる、といった話ではありません。

「投資をしているだけで、これから保険料が上がる」という不安が広がりやすいテーマですが、現時点で影響があるのは、あくまで確定申告をした場合に限られることを正しく理解しておきましょう。

よくある質問

Q. NISA口座の利益も、国民健康保険料の対象になりますか?

A. なりません。NISA(つみたて投資枠・成長投資枠)の利益は非課税で、そもそも確定申告の対象外です。この記事で説明しているのは、あくまで課税対象となる特定口座(源泉徴収あり)の所得を、自分の意思で確定申告した場合の話です。NISAで運用している範囲では、今回のような影響は発生しません。

Q. iDeCoの受け取りにも同じ影響がありますか?

A. iDeCoの掛金は所得控除の対象で、受け取り時も退職所得控除・公的年金等控除といった別の仕組みが使われます。今回取り上げた「特定口座の投資所得を確定申告した場合の国保料への影響」とは、制度上の位置づけが異なります。iDeCoについては別途、受け取り方(一時金・年金)による税金の違いを確認しておくとよいでしょう。

Q. すでに繰越控除で毎年申告している場合、今からやめられますか?

A. 繰越控除は「使うかどうか」を毎年の確定申告のタイミングで選べます。過去に申告して繰り越した損失があっても、翌年以降は申告をしない(=繰越控除を使わない)という選択も可能です。ただし、その場合は繰り越していた損失が使えなくなるため、還付見込み額と保険料への影響を比較した上で判断しましょう。

Q. 保険料が上がるとわかったら、確定申告はしない方がいいですか?

A. 一概には言えません。還付される税額の方が保険料の増加額より大きいケースも多くあります。特に損失額が大きく、複数年にわたって繰越控除の恩恵を受けられる場合は、申告するメリットの方が大きいこともあります。「保険料が上がるかもしれないから申告しない」と一律に判断するのではなく、具体的な金額で比較することが大切です。

手取りへの影響を具体的に確認したい方へ

額面収入と控除の内訳から、税金・社会保険料を差し引いた手取り額をシミュレーションできます。確定申告の判断材料としてもご活用ください。

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まとめ

特定口座(源泉徴収あり)を使い、確定申告をしなければ、投資の利益が国民健康保険料に影響することはありません。影響が出るのは、損益通算・繰越控除・配当控除などのために、あえて確定申告を選んだときです。

「税金が戻るから申告する」だけでなく、「保険料にどれだけ影響するか」までセットで確認する。それが、この制度と上手につきあう唯一の方法です。

確定申告は「税金が還付されるからお得」と単純に判断せず、国民健康保険料・扶養控除・非課税判定など、影響が及ぶ範囲全体を確認したうえで判断することが大切です。迷う場合は、税務署の窓口やFP・税理士などの専門家に相談しながら、ご自身の状況に合った選択をしてください。

FP
Life Asset FP編集部

住宅ローン・資産運用・老後資金・税制改正など、暮らしに直結するお金の知識を発信しています。特定の金融商品の販売・仲介は行っておりません。

⚠️ 本記事は一般的な情報提供を目的としており、税務相談・投資助言を目的とするものではありません。国民健康保険料の算定方法・料率は自治体によって異なり、記事内の試算は一定の前提に基づく概算です。実際の申告・保険料への影響については、お住まいの市区町村や税務署、税理士等の専門家にご確認ください。当サイトは税理士業・投資助言業の登録を受けていません。

🤖 AI生成コンテンツを含みます。数値・制度内容は国税庁および各自治体の公表資料に基づく2026年7月時点の情報です。最新情報は国税庁・お住まいの市区町村の公式サイトをご確認ください。